La présence de sédiments résulte de l’accumulation de la matière présente dans la colonne d’eau. Cette matière est apportée par différentes voie : l’érosion des sols et le ruissellement, la matière organique de la végétation des rives et sa dégradation dans l’eau…des rejets particulièrement chargés contribuent également à ces apports.
La sédimentation est un phénomène naturel mais les cours d’eau ayant préservé une dynamique naturelle ont la capacité de mobiliser et de transporter les sédiments notamment, lors d’épisodes de débits plus forts (crues) qui sont également tout à fait naturels.
Les particules sédimentaires peuvent mesurer de quelques nanomètres à quelques centimètres. Des blocs peuvent aussi être rencontrés. Plus leur taille est importante plus la vitesse d’écoulement nécessaire pour les transporter est importante.
Les cours d’eau modifiés ont souvent perdu cette capacité (notamment lorsqu’ils ont été élargis), le phénomène de dépôt est alors aggravé, les cours d’eau du bassin Artois-Picardie, ont pour la plupart une tendance à se combler. Paradoxalement, la retenue de sédiment peut provoquer sur d’autres secteurs, un phénomène d’incision par défaut d’apport de matière.
De nombreux polluants s’adsorbent sur les particules sédimentaires ou précipitent vers le fond, les nombreux rejets chargés en particules et en polluants ont donc provoqué une pollution des sédiments assez généralisée dans le bassin Artois Picardie même pour certains polluants qui ne sont plus rejetés tels que les PCB. Les sédiments n’étant pas remis en mouvement, la pollution est contenue dans les couches sédimentaires mais les contacts par le fond existent et certaines espèces sont donc contaminées par ces pollutions.
Ces pollutions génèrent également des difficultés pour la valorisation des déchets issus des opérations de dragage des canaux. La direction des Voies Navigables de France se voit ainsi contrainte de mettre en dépôt ces sédiments et propose une démarche responsable et prospective pour la gestion des sédiments tandis que de nouvelles voies sont explorées (voir projet sédimatériaux)