En dehors de l’entretien régulier et des opérations intégrées aux plans de gestion et d’entretien, les "installations, ouvrages, travaux et activités" en cours d’eau, relèvent pour la plupart de rubrique de la nomenclature « eau » (article R214-1 du Code de l’Environnement). Les projets concernés ne peuvent donc être réalisés avant l’obtention d’une décision administrative les autorisant. Les Directions Départementales des Territoires et de le Mer (DDTM) assurent l’instruction de ces dossiers.
Le dossier déclarant ou demandant l’autorisation du projet, selon l’importance de celui-ci contient notamment une étude de l’incidence du projet qui doit prouver, entre autres, sa compatibilité aux objectifs du SDAGE.
Certains projets peuvent aussi relever de la réglementation sur les Installations Classées pour la Protection de l’Environnement (livre V titre 1er du Code de l’Environnement). Les Directions Régionales de l’Environnement, de l’Aménagement et du Logement (DREAL) ou les Directions Départementales pour la Protection des Populations (DDPP, pour les installations d’élevage notamment) assurent l’instruction de ces dossiers.
