Différents outils d’évaluation de la qualité des eaux se sont succédés depuis les années 70, et ce pour les différents éléments de qualité qui ont été suivis dans le cadre des réseaux de mesure :
- la qualité physico-chimique évaluée selon la grille d’évaluation de 1971 puis selon le système d’évaluation de la qualité des eaux (SEQ-Eau) et enfin le Système d’Evaluation de l’Etat de l’Eau (SEEE)
- la qualité biologique évaluée grâce à des indicateurs relatifs aux peuplements de végétaux (Indice Biologique Diatomées ou IBD), d’invertébrés (Indice Biologique Global Normalisé ou IBGN) et de poissons (Indice Poisson Rivière ou IPR)
- la qualité hydromorphologique des cours d’eau évaluée selon le Système d’Evaluation de la Qualité Physique (SEQ-Physique).
La Directive Cadre sur l’Eau (DCE) introduit désormais la notion d’évaluation de l’ « état » des eaux, à distinguer de l’évaluation de la « qualité » des eaux.
L’état est défini comme étant la situation la plus déclassante entre un état chimique se rapportant à des normes de concentration de certaines substances particulièrement dangereuses (toxiques), et un état écologique qui repose sur une évaluation des éléments de qualité physico-chimiques et biologiques.
L’objectif de « bon état écologique » est défini comme un écart « léger » à une situation de référence, correspondant à des milieux non ou très faiblement impactés par l’homme.
Les premiers éléments d’interprétation de la notion de bon état ont été définis par la Circulaire DCE 2005/12 du 28 juillet 2005. Les règles d’évaluation de l’état sont régulièrement actualisées et sont consultables sur le portail technique de l’Agence française de la biodiversité
Le système d’évaluation de l’état des eaux (SEEE) permet de diagnostiquer l’état des masses d’eau, en combinant tous ces éléments de qualité.