Dans chaque département, la Mission Inter-Services de l’Eau et de la Nature (MISEN) assure la coordination des différents services chargés de la police de l’eau.
Les Directions Régionales de l’Environnement, de l’Aménagement et du Logement (DREAL) coordonnent la police de l’eau au niveau régional.
Les DREAL avec les Directions Départementales de la cohésion sociale et de la protection des populations (DDCSPP) et les Directions Départementales des Territoires (DDT) sont également chargées des inspections des installations classées pour la protection de l’environnement (ICPE) afin de vérifier que les prescriptions sont bien respectées par les établissements.